ไพรูเวตที่ผลิตโดยไกลโคไลซิสจะกลายเป็นอินพุตสำหรับส่วนถัดไปของเส้นทางพลังงานยูคาริโอต ในระหว่างขั้นตอนนี้ โมเลกุลไพรูเวตแต่ละโมเลกุลในไซโตพลาสซึมจะเข้าสู่ไมโทคอนเดรียน  เซลล์ ซึ่งจะถูกแปลงเป็นอะซิติลโคเอ ซึ่งเป็นคาร์บอนที่ให้พลังงาน 2 คาร์บอน และคาร์บอนที่สามจะรวมตัวกับออกซิเจนและปล่อยออกมาเป็นคาร์บอนไดออกไซด์ ในขณะเดียวกันก็มีการสร้างพาหะของ NADH จากนั้น Acetyl CoA จะเข้าสู่วิถีที่เรียกว่าวงจรกรดซิตริกซึ่งเป็นกระบวนการพลังงานหลักลำดับที่สองที่เซลล์ใช้ วงจรกรดซิตริกแปดขั้นตอนสร้างโมเลกุล NADH เพิ่มขึ้นสามโมเลกุลและโมเลกุลตัวพาอีกสองโมเลกุล: FADH 2และ GTP