หัวหอมที่เพิ่งหั่นใหม่ๆ มักจะทำให้รู้สึกแสบตาในสายตาของผู้คนที่อยู่ใกล้เคียง และมักจะน้ำตาไหลออกมาโดยที่ไม่สามารถควบคุมได้ สิ่งนี้เกิดจากการปล่อยของเหลวที่ระเหยได้ , syn -propanethial-S-oxideและละออง ของมัน ซึ่งกระตุ้นเส้นประสาทในดวงตา นี้ผลิตโดยปฏิกิริยาลูกโซ่ซึ่งทำหน้าที่เป็นกลไกป้องกัน : การสับหัวหอมทำให้เซลล์ เสียหาย ซึ่งปล่อยเอนไซม์ที่เรียกว่าอัลลิอิเนส สิ่งเหล่านี้จะสลาย กรด อะมิโนซัล ฟอกไซด์และสร้างกรดซัลฟีนิก. กรดซัลฟีนิกที่จำเพาะเจาะจง กรด 1-โพรพีนซัลฟีนิก ถูกกระตุ้นอย่างรวดเร็วโดยเอนไซม์ตัวที่ 2 ที่เรียกว่าlacrimatory factor synthase (LFS) ซึ่งผลิตsyn -propanethial-S-oxide ก๊าซนี้จะกระจายไปในอากาศและในไม่ช้าก็มาถึงดวงตา ซึ่งมันจะไปกระตุ้นเซลล์ประสาทรับความรู้สึก ต่อมน้ำตาจะผลิตน้ำตาเพื่อเจือจางและชะล้างสารระคายเคือง การระคายเคืองตาสามารถหลีกเลี่ยงได้โดยการหั่น หัวหอม ใต้น้ำไหลหรือจุ่มลงในอ่างน้ำ การปล่อยให้ส่วนปลายของรากไม่บุบสลายยังช่วยลดการระคายเคืองเนื่องจากฐานของหัวหอมมีสารประกอบกำมะถันเข้มข้นสูงกว่าส่วนที่เหลือของหัว ปริมาณของกรดซัลเฟนิกและปัจจัยของน้ำตาที่หลั่งออกมาและผลของการระคายเคืองนั้นแตกต่างกันตามสายพันธุ์ของAllium ในปี พ.ศ. 2551 สถาบันเพื่อการวิจัยพืชและอาหารแห่งนิวซีแลนด์ได้สร้างหัวหอม "ไม่มีน้ำตา" โดยการดัดแปลงพันธุกรรมเพื่อป้องกันการสังเคราะห์ lachrymatory factor synthase ในหัวหอม การศึกษาชิ้นหนึ่งชี้ให้เห็นว่าผู้บริโภคชอบรสชาติของหัวหอมที่มีปริมาณ LFS ต่ำกว่า เนื่องจากกระบวนการนี้ขัดขวางการกลืนกินกำมะถันของพืช บางคนพบว่าหัวหอม LFS− มีรสชาติด้อยกว่า