ดัชนีความไม่ชอบน้ำเป็นการวัดค่าความไม่ชอบน้ำสัมพัทธ์ หรือความสามารถในการละลายของกรดอะมิโนในน้ำ ในโปรตีน กรดอะมิโนที่ไม่ชอบน้ำมักจะพบได้ในภายใน แอลธีอะนีน ในขณะที่กรดอะมิโนที่ชอบน้ำมักจะสัมผัสกับสภาพแวดล้อมที่เป็นน้ำ ค่าในตารางด้านล่างถูกทำให้เป็นมาตรฐานเพื่อให้สารตกค้างที่ไม่ชอบน้ำมากที่สุดได้รับค่า 100 เทียบกับไกลซีน ซึ่งถือว่าเป็นกลาง (ค่า 0) ตาชั่งถูกคาดการณ์ถึงสิ่งตกค้างซึ่งชอบน้ำมากกว่าไกลซีน